Un cop els xifratges per substitució van ser desxifrats, els encriptadors va començar a desenvolupar nous mètodes més forts. La història de la criptografia és un procés d'evolució. Evolució és un terme perfectament apropiat, ja que el desenvolupament de la criptografia es pot veure en termes d'un esforç evolutiu.


Un mètode de xifratge està constantment sotmès a l'atac dels descodificadors. Quan els descodificadors han desenvolupat una nova arma que revela la feblesa d'un xifratge, llavors no s'utilitza més aquest xifratge. O bé s'extingeix o bé es transforma en un nou xifratge més potent. A la vegada, aquest nou xifratge només funciona fins que els descodificadors detecten la seva feblesa, i així successivament. Això és anàleg a la situació, per exemple, davant una infecció bacteriològica. El bacteri viu, es desenvolupa i sobreviu fins que els metges descobreixen un antibiòtic que mostra una feblesa en el bacteri i el mata. El bacteri és forçat a evolucionar i vèncer l'antibiòtic i, si té èxit, es desenvolupa de nou i es restableix. El bacteri està forçat contínuament a superar els atacs dels nous antibiòtics.


Aquesta secció inclou tres xifratges que són més forts que els descrits prèviament, encara que també han estat desxifrats tots tres.